En época medieval “quintana” hacia referencia a una placa cerrada en general adosada a una iglesia o casa de labor, significando su topónimo patio o explanada cerrada. Lo “del puente” se refiere lógicamente al instalado sobre el río Arlanzón construido por orden de Felipe II.
Por estas tierras pasó Escisión a la región vaccea en el año 134 a.C. acaparando cércales para cercar Numancia. Por Quintana pasaban una Vía romana y hubo una villa romana en su término de “Santa Lucía”. Parece que en los inicios del siglo X fuere esta localidad fortificada y repoblada por las huertas Cristianas.
En el siglo XIV Quintana era lugar de “Behetría”, podría elegir señor, y lo era el moderno Juan Rodríguez de Sandoval, y a mediados del siglo XVII lo era del Almirante Enríquez, para pasar a ser villa de Señorío, pues en 1752 pertenecía en pleito entre la Duquesa de Alba y el Conde de Benavente, disponiendo en este siglo XVIII de 22 vecinos (a finales del siglo XVI tenía 40).
Cerca de Quintana se levantaba el monasterio de monjas de San Salvador del Moral, de la Orden de San Benito, ubicado entre los ríos Arlanza y Arlanzón, existiendo ya en el siglo XI y uno de los monasterios más poderosos de Castilla Vieja meridional.
Fue lugar muy importante en la Guerra de la Independencia sobre todo entre 1809 y 1800 pasando por aquí el cura Merino, Juan Tapia, etc.
Ya desde el siglo XV pasaban por aquí gentes mercaderes de Vizcaya, Guipúzcoa, Barque, etc… para acudir a las ferias de Medina del Campo, en la actualidad Quintana está ampliamente dotada de servicios de hostelería y es punto de descanso de la autovía hacia Burgos.
Al finalizar el siglo XVI Quintana disponía de unos 285 habitantes, a mediados del XIX de 140, en 1900 de 382, en 1930 de 494, en 1960 de 609 y en la actualidad de 234.