Quintana del Puente se sitúa en la margen izquierda del valle del río Arlanzón, en el punto en que este río es atravesado por tres puentes: el histórico, el nuevo puente de la A-62 que bordea el núcleo por el Oeste y el de la N-622 que nace en esta población y la bordea por el norte.
Este valle del Arlanzón en el que se sitúa Quintana está además recorrido por la autovía A-62 Burgos-Portugal que bordea el núcleo a tan poca distancia que la vía de servicio Este es prácticamente una de las calles del caserío. También el ferrocarril Madrid- Irún recorre el valle y tiene estación en Quintana del Puente a menos de 1 km. del caserío.